Museum Nasional diawali dengan berdirinya sebuah himpunan bernama Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen yang didirikan oleh Pemerintah Belanda pada tanggal 24 April 1778. Pada masa itu, Eropa tengah terjadinya sebuah revolusi intelektual (the Age of Enlightenment) yaitu di mana orang sudah mulai mengembangkan pemikiran ilmiah dan ilmu pengetahuan. Pada tahun 1752 di Hararlem, Belanda berdiri De Hollandsche Maatschappij der Wetenschappen atau sebuah Perkumpulan Ilmiah Belanda. Hal ini mampu mendorong berbagai orang Belanda di Batavia (Indonesia) untuk mendirikan beragam organisasi sejenis.
Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen (BG) juga merupakan sebuah lembaga independen yang didirikan dengan tujuan memajukan penelitian dalam sebuah bidang seni dan ilmu pengetahuan khususnya dalam bidang ilmu biologi, fisika, arkeologi, kesusastraan, etnologi dan sejarah. Salah seorang pendiri lembaga ini yaitu JCM Radermacher, menyumbangkan sebuah rumah miliknya di Jalan Kalibesar, suatu kawasan perdagangan di Jakarta-Kota. Tidak hanya itu, ia juga menyumbangkan sejumlah koleksi benda budaya dan buku yang sangat berguna, sumbangan Radermacher inilah yang menjadi cikal bakal berdirinya museum dan perpustakaan.
Selama masa pemerintahan Inggris di Jawa (1811-1816), Letnan Gubernur Sir Thomas Stamford Raffles menjadi Direktur perkumpulan ini. Oleh karena rumah di Kalibesar sudah penuh dengan koleksi, Raffles memerintahkan pembangunan gedung baru itu dapat digunakan sebagai museum dan ruang pertemuan untuk Literary Society (dulu disebut gedung “Societeit de Harmonie”). Bangunan ini sendiri berlokasi di jalan Majapahit nomor 3. Sekarang di tempat ini berdiri kompleks gedung sekretariat Negara, di dekat Istana kepresidenan.
Jumlah koleksi milik BG terus neningkat hingga museum di Jalan Majapahit ini tidak dapat lagi tertampung koleksinya. Pada tahun 1862, pemerintah Hindia-Belanda memutuskan untuk melakukan pengorbanan demi membangun sebuah gedung museum baru di lokasi yang sekarang, yaitu Jalan Medan Merdeka Barat No. 12 (yang disebut “Koningsplein West”). Tanahnya meliputi area yang kemudian di atasnya dibangun gedung Rechst Hogeschool atau “Sekolah Tinggi Hukum” (pernah digunakan untuk markasKenpetai di masa pendudukan Jepang, dan sekarang Departemen Pertahanan dan Keamanan). Gedung museum ini baru dibuka untuk umum pada tahun 1868.
Museum ini sangat dikenal di kalangan masyarakat Indonesia, khususnya penduduk Jakarta. Mereka menyebutnya “Gedung Gajah” atau “Museum Gajah” karena di halaman depan museum terdapat sebuah patung gajah perunggu hadiah dari Raja Chulalongkorn (Rama V) dari Thailand yang pernah berkunjung ke museum pada tahun 1871. Gedung ini juga disebut sebagai “Gedung Arca” karena di dalam gedung memang banyak tersimpan berbagai jenis dan bentuk arca yang berasal dari berbagai periode.
Pada tahun 1923 perkumpulan ini telah memperoleh gelar “koninklijk” karena jasanya dalam bidang ilmiah dan proyek pemerintah lengkapnya menjadi Koninklijk Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen. Pada tanggal 26 Januari 1950, Koninklijk Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen diubah namanya menjadi Lembaga Kebudayaan Indonesia. Perubahan ini disesuaikan dengan kondisi waktu itu, sebagaimana tercermin dalam semboyan barunya: “memajukan ilmu-ilmu kebudayaan yang berfaedah untuk meningkatkan pengetahuan tentang kepulauan Indonesia dan negeri-negeri sekitarnya”.
Mengingat pentingnya museum ini bagi bangsa Indonesia maka pada tanggal 17 September 1962 Lembaga Kebudayaan Indonesia menyerahkan pengelolaan museum kepada pemerintah Indonesia, yang kemudian menjadi Museum Pusat. Akhirnya, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, No.092/ 0/1979 tertanggal 28 Mei 1979, Museum Pusat ditingkatkan statusnya menjadi Museum Nasional.
Kini Museum Nasional bernaung di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Museum Nasional mempunyai visi yang mengacu kepada visi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yaitu “Terwujudnya Museum Nasional sebagai pusat informasi budaya dan pariwisata yang mampu mencerdaskan kehidupan bangsa, meningkatkan peradaban dan kebanggaan terhadap kebudayaan nasional, serta memperkokoh persatuan dan persahabatan antar bangsa”.